万科网络科技

核心战略与数据存档伙伴

1. EMBL-EBI（欧洲生物信息学研究所）
   • 核心合作：与 GEO 签署数据交换协议，其 ArrayExpress 数据库与 GEO 双向同步基因表达数据，共同推动 MIAME 标准落地，保障数据互认与共享。
   • 合作价值：实现跨平台数据互通，提升数据可用性，为欧洲与全球研究者提供一致的数据访问体验。
2. INSDC（国际核苷酸序列数据库协作组织）
   • 核心合作：GEO 依托 INSDC 框架，与 DDBJ（日本 DNA 数据库）、EMBL-EBI 的 ENA（欧洲核苷酸档案）、NCBI 的 GenBank 协同，实现测序类表达数据（如 FASTQ）的统一存档与交叉索引。
   • 合作价值：构建全球统一的数据溯源体系，支持原始数据的跨库检索与验证，确保数据完整性与长期可访问性。
3. DDBJ（日本 DNA 数据库）
   • 核心合作：通过 INSDC 机制同步 GEO 的测序相关元数据与原始数据，参与数据质控标准制定，保障亚洲地区数据提交与访问的兼容性。
   • 合作价值：拓展 GEO 数据的全球覆盖，提升亚太地区研究者的数据提交与分析效率。

技术与工具生态伙伴

1. Bioconductor 项目
   • 核心合作：GEOquery（R 语言包）、limma 等工具的核心开发团队与 GEO 深度协作，适配 GEO 数据格式，提供标准化的数据读取、质控与差异分析流程。
   • 合作价值：降低 GEO 数据的分析门槛，推动生物信息学社区的工具标准化，支撑大规模数据挖掘。
2. NCBI 内部数据库生态
   • 核心伙伴：GenBank、PubMed、Gene、SRA（序列读取档案）、BioProject、BioSample 等。
   • 合作价值：通过统一的 Entrez 检索系统实现数据关联，例如 GEO 样本链接至 BioSample 的表型信息、测序数据关联至 SRA，助力多维度数据整合分析。
3. 基因组参考联盟（GRC）
   • 核心合作：GEO 平台的基因注释依赖 GRC 提供的参考基因组版本，确保探针与基因的对应关系准确性，支撑标准化表达数据的生成。
   • 合作价值：提升数据注释质量，降低因基因组版本差异导致的分析误差。

数据标准与社区协作伙伴

1. MGED Society（微阵列与基因表达数据协会）
   • 核心合作：共同制定 MIAME（微阵列实验小信息）标准，规范 GEO 的数据提交格式与元数据要求，保障实验可重复性。
   • 合作价值：确立基因表达数据的全球通用标准，推动数据共享的规范化与透明化。
2. 全球科研机构与平台开发者
   • 核心合作：包括 Affymetrix、Illumina 等芯片 / 测序平台厂商，提供探针序列、注释文件等平台数据，支撑 GEO 的 Platform（GPL）数据构建；同时与全球高校、科研中心合作，推动数据提交与质控优化。
   • 合作价值：丰富 GEO 的平台类型，提升数据多样性，适配不同实验技术的需求。

合作核心价值与机制

补充说明